En 1660, Saint Jean de Luz, devenue grâce à l'essor de la pêche à la baleine et à la morue une cité prospère, comptait environ douze mille habitants. Elle eut l'honneur d'être choisie pour la célébration du mariage de Louis XIV et de l'Infante d'Espagne.

A l’issue de la cérémonie, Louis XIV fit don à l‘église d’un mobilier religieux (chapelle), ainsi que des ornements sacerdotaux, toujours conservés par  la paroisse et classés par les monuments historiques.

La  porte,  par laquelle passa le cortège royal, fut murée en 1669 suite au percement du grand portail et non à l’issue de la cérémonie comme l’indique la plaque commémorant l’événement.

Au XIXe siècle, Saint-Jean-de-Luz devient une station balnéaire grâce à Napoléon III et Eugénie qui recevaient souvent les têtes couronnées et grands de ce monde. Le pays Basque y gagna en renommée, et cela y favorisa l'essor des bains de mer.

Bien connue du couple impérial, Saint-Jean-de-Luz bénéficia d'aides conséquentes pour la construction des digues de protection. Ces travaux, qui concernaient 750 mètres d'ouvrages, furent achevés en 1893.
La cité fut également desservie très tôt par des lignes régulières d'omnibus, puis de trains (dès 1864).

Parmi les célébrités qui apprécièrent la ville, citons Stendhal, Flaubert, Victor Hugo.